Der Glückstädter Hafen liegt in der Nähe des Stadtzentrums und besteht aus einem Binnen- und einem Außenhafen.

Der Außenhafen kann jederzeit angelaufen werden und ist tideunabhängig. Er besitzt Liegeplätze für Yachten mit einer Länge von bis zu 13 Metern an der Schlengelanlage und Liegeplätze für größere Schiffe am Längsschlengel im Norden der Schleuseneinfahrt.

An der Nordseite können Fahrgastschiffe zwischen dem ehemaligen Fähranleger und dem Sicherheitsbereich anlegen, eine Fahrgasttreppe steht hier allerdings nicht zur Verfügung.

Durch ein Sperrwerk ist der Binnenhafen vom Außenhafen aus zu erreichen. Es wird nach Wasserstand etwa zwei Stunden vor Hochwasser geöffnet. Hier befinden sich ruhige Liegeplätze in Pfahlboxen und Längsplätze. Strom, Wasser sowie ein 500 kg zugelassener Mastenkran sind hier vorhanden.

Im Restaurant Alte Mühle am Binnenhafen befindet sich das Büro des Hafenmeisters sowie Duschen und Toiletten.