Die Lohr entsteht südlich von Lohrhaupten durch den Zusammenfluss von dem Lohrbach und dem Flörsbach und mündet nach 18,6 Kilometern in Lohr am Main in den Main.

An ihren Ufern leben Biber und auch die Fischarten Äsche, Bachforelle, Bachneunauge, Brachse, Gründling, Mühlkoppe, Regenbogenforelle und Schleie fühlen sich wohl in der Lohr.

In ihrem Verlauf durch den Spessart verlässt sie Hessen gemeinsam mit der Bundesstraße 276 sehr schnell und fließt durch Bayern, zunächst durch die Marktgemeinde Frammersbach. Hier schließt sich ihr der Laubersbach an, der bis ins 16. Jahrhundert ebenfalls Frammersbach hieß. Auch ein Feuchtwiesenerlebnispfad ist hier an ihrem Ufer zu finden.

Durch das Naturschutzgebiet Spessartwiesen führt die Lohr weiter nach Partenstein, wo sie durch ein Viadukt der Main-Spessart-Bahn fließt. Hier, an der Burg Bartenstein, schließt sich ihr größter Nebenfluss, der Aubach, an.

In Lohr am Main führt ihr Verlauf vorbei an der Roten Mühle und teilt sich auf, bevor sie, unter der ehemaligen Ostspessartbahn und der Bundesstraße 26 hindurch, als rechter Nebenfluss in den Main mündet.