Die Emmer ist ein Nebenfluss der Weser und fließt 61,8 Kilometer lang durch Nordrhein-Westfalen und Niedersachsen. Die Quelle der Emmer liegt im Eggegebirge bei Langeland auf dem Rehberg.

Von Langeland fließt sie durch Erpentrup, wo sie den Breitenbach aufnimmt und weiter durch Nieheim und Steinheim. In Schieder-Schwalenberg nimmt sie die die Diestel und die Niese auf und wird am Schiedersee vorbei geleitet. Die Umflut am Nordufer des Sees wurde von 2012 bis 2015 errichtet.

Nun durchquert die Emmer Lügde und Bad Pyrmont, um kurz vor ihrer Mündung noch das Mühlrad der historischen Mühle und eine Turbine bei dem Schloss Hämelschenburg anzutreiben. Zwischen Bodenwerder und Hameln mündet sie bei Emmern in die Weser.

Entlang der Emmer verläuft der schöne Emmerweg und auch die Bahnstrecke Hannover–Altenbeken liegt zum Teil am Flusslauf.